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基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：100

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理 1.下载： git clone https: //github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git 2.编译： mvn clean package 3.编译成功： [INFO] ----------------------------------------[详细]
基因数据处理51之cs-bwamem集群版运行*

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：52

将master的local改为集群就可以了。集群运行结果：问题：匹配50条的时候，bwa和snap都是生成50条。但是cs-bwamem会生成492条，其中25和50条重读的很多，匹配位置不同。不知道为啥？记录： D: 1 win7javajdkbinjava -Didea.launcher.port= 7538 "-Di[详细]
《剑指offer》:[16]打印1到最大的N位数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：95

题目：输入数字N，按顺序打印从1到最大的n位十进制数。比如输入3，则打印出1、2、3一直到最大的三位数即：999. 乍一看这个题目很简单，我们很快就会写出下面的代码： void onetoN(int n){int number=1;for(int i=0;in;i++){number*=10;}for(int i=1;inumber;[详细]
基因数据处理52之cs-bwamem集群版运行（1千万条100bp的reads）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：172

1.art生成模拟序列： art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522 . fna -l 100 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs20 2.上传到hdfs，制定partition数 spark-submit --class cs .ucla .edu .bwaspark .BWAMEMSpark --master spark://maste[详细]
NDK开发 - JNI数组数据处理

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：138

很多时候利用 NDK 开发都是为了对数据进行加密操作，因为单纯的 Java 太容易被反编译了，加密算法也就很容易被破解，而利用 C/C++ 开发可以加大破解难度。文件的数据加密就需要通过 byte 数组传给 JNI。传送门： NDK开发 - JNI数组数据处理 JNI 中的数组分[详细]
利用BI搭建零售业数据信息平台

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：134

某百货公司是全市规模最大的以零售为主、多元化经营的股份制商业企业。拥有员工数千人，经营国内外品牌2300余种，年商品销售额逾10亿人元。销售体量如此庞大的企业近几年在IT建设上出现了问题，集团内部的信息化数据有些跟不上业务扩张的步伐。虽然该集团很[详细]
基因数据处理70之Picard安装没成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：189

1.下载： https://github.com/broadinstitute/picard.git 2.安装： hadoop@Master:~/xubo/tools/picard$ ant clone-htsjdkBuildfile: /home/hadoop/xubo/tools/picard/build.xmlclone-htsjdk: [exec] Cloning into 'htsjdk'... [echo] Checking out HTSJDK t[详细]
OBIEE RPD开发

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：134

A parent-child hierarchy is a hierarchy of members that all have the same type. This contrasts?with level-based hierarchies,where members of the same type occur only at a single level of the?hierarchy. The most common real-life occurrence[详细]
推荐 | 9个最佳的大数据处理编程语言

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：64

大数据的浪潮仍在继续。它渗透到了几乎所有的行业，信息像洪水一样地席卷企业，使得软件越发庞然大物，比如Excel看上去就变得越来越笨拙。数据处理不再无足轻重，并且对精密分析和强大又实时处理的需要变得前所未有的巨大。那么，在巨大的数据集中进行筛选[详细]
基因数据处理36之qc-metrics安装

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：52

更多代码请见：https://github.com/xubo245/SparkLearning Spark中组件Mllib的学习之基础概念篇 1解释 Read and variant metrics,useable for pipeline quality control purposes qc-metrics主要是用于read和变异的度量，流水线质量控制的目的 2.代码： git[详细]
基因数据处理34之使用samtools和bcftools进行变异分析

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：60

1.指令：（1） samtools mpileup -vf Homo_sapiens_assembly19chr20 .fasta NA12878_snp_A2G_chr20_225058 .sorted .bam NA12878_snp_A2G_chr20_225058 .variants 或者： samtools mpileup -vf Homo_sapiens_assembly19chr20 .fasta NA12878_snp_A2G_chr20_[详细]
推荐系统技术 --- 文本相似性计算（二）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：187

第一篇地址：推荐系统技术之文本相似性计算（一）上一篇中我们的小明已经中学毕业了，今天这一篇继续文本相似性的计算。首先前一篇不能解决的问题是因为我们只是机械的计算了词的向量，并没有任何上下文的关系，所以思想还停留在机器层面，还没有到更高的[详细]
基因数据处理37之bdg-formats编译成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：127

更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 bdg-formats是在spark平台上用avro定义的基因处理的数据格式，包括read、sam、vcf、databaseannotion在云平台上的格式，主要用于Adam系统中 2.代码：【2】下载编译： mvn clean package -Dsk[详细]
《hadoop进阶》PeopleRank从社交关系中挖掘价值用户

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：192

转载请注明出处：转载自? Thinkgamer的CSDN博客： blog.csdn.net/gamer_gyt 代码下载地址：点击查看 1：PageRank 与 PeopleRank 2：需求分析：挖掘CSDN博客的价值用户 3：算法模型：PeopleRank算法 4：架构设计：从数据准备到PR算法的MR化 5：程序开发：had[详细]
XTU 1247 Robb#39;s Problem

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：123

Robb’s Problem [ Submit Code ] [ Top 20 Runs ] Acceteped : 48 ? Submit : 335 Time Limit : 1000 MS ? Memory Limit : 65536 KB ? Description Robb’s Problem 题目描述 Robb想知道阶乘 n ! 第 m 位数码是什么？输入第一行是一个整数 T , ( 1 ≤ T[详细]
基因数据处理38之dbSnpId到omimId的映射表

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：200

1.下载：首先收到【2】，来源是【2】【1】中有描述： You can also get those SNPs with an OMIM ID number by downloading from the dbSNP FTP site: the OmimVarLocusIdSNP table contains the information you need for your organisim of interest (hu[详细]
基因数据处理39之mango安装记录

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：194

更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 mango安装记录 mango主要是在adam上实现可视化平台 A scalable genome browser 2.代码： git clone https: //github.com/bigdatagenomics/mango.git cd mangomvn clean package -DskipTests[详细]
数据处理---Spring Batch之基础

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：53

? ? ? Spring框架提供了强大的底层结构，基于此，Spring出现了很多方面的应用。Spring Batch就是其一，它是一个轻量级的，完全面向Spring的批处理框架，可以应用于企业级大量的数据处理系统。Spring Batch以POJO和大家熟知的Spring框架为基础，使开发者更容[详细]
数据处理---Spring Batch之实践

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：191

上面介绍了Spring Batch的基本概念和简单的demo项目，显然这些还是不够实际使用的。下面我们来更多的代码实践。 ? ? ? ? 在上面的基础项目上面，我们来更多的修改： ? ? ? ? 不用项目默认的hsql DB，用mysql,让ItemReader,ItemWriter 支持mysql； ? ? ? ? 支[详细]
Pentaho BI Server的启动过程详解（二）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：98

时隔好久现在接着上一篇来继续聊一下Pentaho BI Server的启动过程，今天主要讲的就一个类PentahoSystem。软件版本 Pentaho BIServer 5.0.1-ce 关于PentahoSystem 在上一篇文章里已经介绍过在SolutionContextListener中当应用启动时分调用PentahoSystem的ini[详细]
【最强干货】关于文本挖掘的资料（文献，报告，策略，代码）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：148

查看之前文章请点击右上角，关注并且查看历史消息所有文章全部分类和整理，让您更方便查找阅读。请在页面菜单里查找。今天没有策略研究推送。有几篇文章还需再研究一下好久没有给大家干货啦今天给大家一些干货福利文本挖掘方面的资料文献，[详细]
暴力：大数加法

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：89

Description The I-number of x is defined to be an integer y,which satisfied the the conditions below: 1. yx; 2. the sum of each digit of y(under base 10) is the multiple of 10; 3. among all integers that satisfy the two conditions above,y[详细]
数据处理---Spring Batch之进阶

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：118

有了前面两篇的基础之后，我们一起来聊聊更高级的关于Spring Batch的话题。比如Job 配置；自定义各种Listener；控制步骤流程；自定义Reader,Processor,Writer；并行处理。这些东西在Spring Batch的使用中很多可能会需要的，当然还有更多的内容，最好找下文档[详细]
什么是BI ? 哪些行业需要用到BI？

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：112

什么是BI?哪些行业需要用到BI？ BI——就是分析利用企业已有的各种商用数据来了解企业的经营状况和外部环境，从而为企业的经营决策提供数据支撑。下面我们来详细分解下：企业应用BI的目标即是期望通过对来自不同的数据源进行统一处理及管理，把数据变成信[详细]
[每月好书] 写给大家看的算法书（来自漫画帝国的图解算法书：轻

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-01 热度：131

和老规矩一样，本月月考的奖品就是《写给大家看的算法书》两本。不知道什么是月考的同学，请补习下面文章：每月送书活动来袭,免费哦! 另外，为了避免每次月考都是相同的同学获得最高奖，从上次月考开始，获得过最高奖（得到过书）的同学，将不能获得最高奖[详细]

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